FKIP Universitas Pattimura memiliki 4 Jurusan yaitu: Jurusan Pendidikan MIPA, Jurusan Pendidikan IPS, Jurusan Ilmu Pendidikan, Jurusan Bahasa Dan Seni, serta 17 Program Studi dan 1 Pendidikan Profesi (PPG).

Pendidikan Matematika

Terakreditasi B
Kaprodi: Darma A. Ngilawajan, S.Pd., M.Pd

Pendidikan Biologi

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. Merry Pattipeilohy, M.Pd

Pendidikan Kimia

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. Yeslia Utubira, M.Si

Pendidikan Fisika

Terakreditasi B
Kaprodi: Seska Malawau, M.Pd

Pendidikan Sejarah

Terakreditasi B
Kaprodi: Hamid Dokolamo, M.Pd

Pendidikan Geografi

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. M. Amin Lasaiba, M.Sc

Pendidikan PKN

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. Aisa Abas, M.Pd

Pendidikan Ekonomi

Terakreditasi B
Kaprodi: Silvia Manuhutu, M.Pd

Pendidikan Akuntansi

Belum Akreditasi
Kaprodi: Maryoni S. Kainama, SE., M.Sc

Pendidikan Luar Sekolah

Terakreditasi B
Kaprodi: Junita L. Kundre, M.Pd

Pendidikan Guru Sekolah Dasar

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. J. Pelamonia, M.Pd

Pendidikan Jasmani Kesehatan Dan Rekreasi

Terakreditasi B
Kaprodi: Mariana D. Hukubun, M.Or

Bimbingan Dan Konseling

Terakreditasi B
Kaprodi: Rusnawati Ellis, S.Psi., M.Pd

Administrasi Pendidikan

Terakreditasi B
Kaprodi: Vando K. Makaruku, M.Pd

Pendidikan Bahasa Dan Sastra Indonesia

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. Martha Maspaitella, M.Pd

Pendidikan Bahasa Inggris

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. Rosina. F. J. Lekawael, MA

Pendidikan Profesi Guru

Terakreditasi B
Kaprodi: Prof. Dr. Th. Laurens, M.Pd

Pendidikan Bahasa Jerman

Terakreditasi B
Kaprodi: Dr. Kalvin Karuna, M.Pd