Pada tanggal 10 September 1961, yayasan perguruan tinggi Maluku membuka Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan dengan nama FKIP, Yayasan perguruan tinggi Maluku dengan 3 jurusan yaitu Jurusan Sejarah, Jurusan Ekonomi dan Jurusan Bahasa Inggris. Sesuai surat keputusan menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pendidikan Pada 8 Agustus tahun 1962, Yayasan Perguruan Tinggi Maluku-Irian Barat diresmikan menjadi Universitas Pattimura. Dan pada tahun 1963 sesuai dengan keputusan Presiden RI No. 66 oleh Presiden Soekarno memberi nama Universitas Pattimura.
Sejarah terus berjalan seiring dengan dikukuhkan Universitas Pattimura menjadi Universitas Negeri pertama di Maluku berdasarkan surat keputusan Presiden RI No.66 tahun 1963, dengan demikian FKIP yang semula bernaung di bawah nama Yayasan perguruan tinggi Maluku-Irian Barat secara resmi menjadi FKIP Universitas Pattimura dengan 4 Jurusan yaitu, Jurusan Sejarah, Jurusan Ekonomi Jurusan Bahasa Inggris dan Jurusan Geografi dan civies. Pada bulan agustus tahun 1964, sesuai surat keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor: 1 tertanggal 3 Januari 1963, FKIP Universitas Pattimura di integrasikan /dijadikan cabang dari Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Jakarta sebagai induk, dan kemudian berubah namanya menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Jakarta cabang Ambon (IKIP Jakarta Cabang Ambon) yang dipimpin oleh H. A. Risakota, M.A sebagai dekan koordinator, IKIP Jakarta cabang Ambon terdiri dari empat Fakultas yaitu Fakultas Keguruan Ilmu Sosial, Fakultas Keguruan Sastra Seni, Fakultas Keguruan Ilmu Eksata dan Fakultas Ilmu Pendidikan. Maka disamping Universitas Pattimura, IKIP Jakarta cabang Ambon merupakan lembaga perguruan tinggi kedua di Kota Ambon.
Setelah kurang lebih empat tahun berstatus sebagai IKIP Jakarta cabang Ambon maka akhirnya berdasarkan surat keputusan Direktur Jendral Perguruan Tinggi terhitung tanggal 1 Januari tahun 1968 IKIP Jakarta Cabang Ambon diintegrasikan kedalam Universitas Pattimura. Pada tahun 1969 IKIP Jakarta Cabang Ambon dijadikan dua Fakultas yaitu Fakultas Keguruan (dekan Drs. F. F. H. Matrutty) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (Dekan Drs. P. J. Siwabessy). Selanjutnya sesuai keputusan Presiden RI nomor: 73 tahun 1982 tentang organisasi Universitas
Pattimura dalam rangka pelaksanaan peraturan pemerintah Nomor : 72 tahun 1982 tentang penataan Fakultas di lingkungan Universitas Negeri, maka Fakultas Keguruan dan Fakultas Ilmu Pendidikan disatukan kembali menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan yang disebut dengan istilah FKIP Unpatti dengan Dekan Drs. H. M. Soplantila.
Seiring waktu berjalan dari Tahun 1985 s.d Tahun 2022, FKIP Unpatti telah memiliki 12 Dekan yaitu :
1. F. H. Matrutty (1970-1973)
2. J. E. Sitanala (1973-1976)
3. Z. Latupapua (1976-1979)
4. E. Nikijuluw (1979-1982)
5. H. M. Soplantila (1982-1988)
6. T. J. A. Uneputty (1988-1991)
7. E. Marwa (1991-1997)
8. Prof. Dr. H. B. Tetelepta, M.Pd (1997-2003)
9. P. Rahabav, M.Si (2003-2012)
10. Prof. Dr. R. Oszaer, MS (2012-2013)
11. Prof. Dr. Theresia Laurens, M.Pd (2013-2021)
12. Prof. Dr. Izaak H. Wenno, S.Pd, M.Pd (2021 – Sekarang)
Dari Tahun 1985 sampai dengan tahun 2022, FKIP Universitas Pattimura terus meningkatkan Perkembangan yang sangat signifikan. FKIP Universitas Pattimura terdiri dari empat Jurusan yaitu: Jurusan Pendidikan MIPA, Jurusan Pendidikan IPS, Jurusan Bahasa dan Seni, dan Jurusan Ilmu Pendidikan. Dan di dalamnya terdapat 16 Program Studi. Pengembangan FKIP kemudian difokuskan pada peningkatan kualitas pendidikan dan pengajaran di 4 Jurusan dan penambahan 1 Program Studi baru yaitu Program Studi Pendidikan Akuntansi sehingga Total 17 Program Studi.
Untuk meningkatkan proses belajar mengajar, FKIP Universitas Pattimura sendiri didukung oleh 247 tenaga pendidik, 15 tenaga kependidikan PNS, 61 dosen non PNS, 100 tenaga kependidikan non PNS serta FKIP Univesitas Pattimura telah memiliki 18 Guru Besar. Saat ini FKIP memiliki 17 program studi dengan berbagai strata yang tersebar di 4 jurusan, yaitu: Jurusan Pendidikan MIPA, Jurusan Pendidikan IPS, Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni serta Jurusan Ilmu Pendidikan, serta Program Pendidikan Profesi Guru (PPG).
Jumlah tenaga dosen yang dimiliki FKIP Unpatti 2022 sebanyak 308 orang termasuk dosen non PNS di dalamnya sebanyak 61 orang. Dari jumlah dosen tersebut, 96 orang berkualifikasi S-3, 151 orang berkualifikasi S-2, yang berarti bahwa 100% dari jumlah dosen telah berkualifikasi S-2 dan S-3. Dilihat dari golongan/kepangkatan, 192 orang adalah golongan III, dan 55 orang golongan IV. Guru besar aktif yang dimiliki oleh FKIP saat ini adalah 19 orang.